В статье исследуется институт участия прокурора в арбитражном судопроизводстве Российской Федерации. Прослежена его эволюция: от модели всеобъемлющего надзорного вмешательства в условиях плановой экономики советского периода до современной целевой концепции, направленной на защиту публичных интересов в строго ограниченных законом случаях. Анализируется действующее правовое регулирование на основе АПК РФ, определяющее две основные формы участия прокурора – обращение в суд с иском (заявлением) и вступление в дело для дачи заключения. Выявляются ключевые системные проблемы, снижающие эффективность процессуальной деятельности прокурора: доктринальная и законодательная неопределенность его процессуального статуса, отсутствие института отвода, правовая неясность относительно возможности заключения мирового соглашения, а также ограничение права прокурора, участвующего в деле, на принесение апелляционных и кассационных представлений. На основе проведенного анализа сформулированы конкретные предложения по совершенствованию АПК РФ, направленные на устранение выявленных пробелов и унификацию норм с гражданским процессом. Делается вывод о том, что реализация предлагаемых мер будет способствовать укреплению принципов состязательности и равноправия сторон, повышению эффективности защиты публично-правовых интересов и обеспечению сбалансированности арбитражного судопроизводства.